Menurutnya, ideologi yang sesuai dengan Al-Quran harus diterapkan di Indonesia dan ia menolak ideologi pancasila.
Pemberontakan Kartosoewirjo berhasil ditumpas.
Ia ditangkap oleh pasukan TNI di Gunung Geber, Jawa Barat pada tanggal 4 Juni 1962.
Ia kemudian dijatuhi hukuman mati.
Baca Juga: Juni Adalah Bulan Soekarno, dari Lahir hingga Wafat
Hal yang menyedihkan adalah surat hukuman mati itu ditandatangani oleh sahabat karibnya yang tak lain adalah Presiden Soekarno.
Tanpa tanda tangan dari Bung Karno, tentu Kartosoewirjo tidak akan ditembak mati.
Proses eksekusi terhadap Kartosoewijo tertunda hingga tiga bulan.
Hal ini dikarenakan Bung Karno selalu menyingkirkan berkas kertas vonis hukuman mati atas diri Kartosoewirjo, manakala berkas itu berada di atas meja kerjanya.
Peristiwa itu sempat membuat Bung Karno frustasi dan akhirnya melemparkan berkas vonis tersebut ke udara dan bercecer di lantai ruang kerjanya.