KH Said Aqil Siradj kecil tumbuh dan berkembang dibawah asuhan langsung ayahnya.
Melalui ayahnya ini, ia memelajari ilmu-ilmu dasar keislaman. Ayah beliau sendiri merupakan putera dari KH Siradj yang masih keturunan dari KH Muhammad Said Gedongan.
Tidak cukup sampai disitu, setelah berguru dibawah asuhan ayahnya sendiri dirasa cukup.
Baca Juga: Biografi Tan Malaka, Pahlawan Nasional Indonesia yang Tragis di Akhir Hayatnya
Said Aqil Siradj kecil kemudian melanjutkan menimba ilmu ke pondok pesantren Lirboyo Kediri dibawah asuhan KH Marzuki Dahlan dan KH Mahrus Ali.
Setelah lulus Aliyah, beliau memilih untuk melanjutkan ke jenjang perkualiahnnya di Universitas Tribakti yang lokasinya masih berdekatan dengan Kediri.
Namun kemudian beliau pindah ke Yogyakarta dan belajar kepada KH Ali Maksum di Krapyak dan berkuliah di UIN Sunan Kalijaga.
Tak puas belajar di dalam negeri, ia ditemani dengan istrinya kemudian bertolak ke kota Mekkah.
Baca Juga: Biografi Sukarni Kartodiwirjo, Sosok Penting di Balik Kemerdekaan Indonesia
Disana beliau berkuliah di Universitas King Abdul Aziz dan Ummul Qurra dari sarjana hingga doktoral.