Baca Juga: Fakta Sejarah Sistem Pendidikan Indonesia di Masa Kolonial Belanda, Pribumi Didiskriminasi
Setelah itu ia membentuk Lembaga Pertahanan Hak Asasi Manusia atau LPHAM Indonesia yang disebut sebagai organisasi pertama di Indonesia yang khusus menangani HAM.
Setelah resmi menjadi WNI, Poncke Prinsen mengubah keyakinannya menjadi seorang muslim.
Baginya menjadi bagian dari WNI tidak boleh setengah-setengah, jadi dengan penuh keyakinan ia kemudian memeluk agama islam.
Poncke Prinsen meninggal dunia pada usia 76 tahun tepatnya pada bulan Februari 2002.***