Setelah KH. Kholil Nawawi wafat. Beliau digantikan oleh KH. Abdul Alim bin Abd. Djalil. Hingga kini, Pesantren Sidogiri dipimpin oleh KH. A. Nawawi bin Abd. Djalil setelah KH. Abd. Djalil wafat pada tahun 2005 silam, tepatnya 28 Zulqa'dah 1425 Hijriah.***