Agung Wilis ditangkap, kemudian diasingkan ke Pulau Endam/Damar Besar di utara Batavia dan dipindahkan ke Pulau Banda di Maluku.
Namun berkat bantuan para pengikutnya dan masyarakat Pulau Banda yang bersimpati kepada Wong Agung Wilis, ia akhirnya bisa lolos dari Penjara Rosingain (tempatnya diasingkan) dan lari ke Pulau Seram dan kemudian berlayar ke Bali.
Wong Agung Wilis meninggal di Mengwi, Bali pada tahun 1780 karena usianya yang sangat lanjut.***